I 편 기초편에 이어 "유전체 데이터 분석 - II  NGS편, 암과 질병 유전체"가 출간되었다.

   에서 "GDA 유전체 데이터 분석"을 검색하세요.   (부록: 응용프로그램의 설치와 이용법 설명)

. 개인 유전체 시대와 바이오·정보·의학

• 제1장 기술융합으로 실현되는 미래의학 …002
• 제2장 바이오 빅데이터와 네트워크의학 시스템의학 …022
• 제3장 헬스아바타: 개인 빅데이터와 디지털 헬스케어 …046

.  세상 밖으로 나온 바이오 유전체 데이터

• 제4장 공개 바이오 빅데이터와 정보의학 …066
• 제5장 1,000명 유전체 사업과 사람 유전체의 다양성 …082
  
  (2) 1000명 유전체 사업과 사람 유전체의 다양성 The 1000 Genomes Project and Human Genome Diversity
  (3) 대립유전자형과 유전형 빈도 산출
  (4) 희귀하고 위해도가 높은 돌연변이 찾기
• 제6장 ENCODE 데이터와 UCSC 유전체 브라우저 …102
  
  (2) 서론,  ENCODE 데이터의 활용 
  (3) ENCODE 데이터와 UCSC 유전체 브라우저
  (3) Analysis of Methylation and Histone data
  (4) ChIP-Seq 데이터 분석을 통한 전사조절 SNP 찾기. ChIP-Seq Data Analysis for Finding Regulatory SNPs.
• 제7장 인간 세포주 유전체 분석 공개 데이터 …124

. NGS 데이터 분석의 이해

• 제8장 차세대 염기서열 데이터 분석의 이해와 응용 …162
• 제9장 차세대 시퀀싱 데이터 포맷 다루기 …182
• 제10장 서열 변이 부르기와 주석달기 …200
• 제11장 서열 변이의 주석달기와 변이 기능 평가 …218

. NGS를 이용한 암 유전체 데이터 분석

• 제12장 암 유전체 정보학: 돌연변이 분석과 동반진단, 표적치료제, 면역치료제 …242
• 제13장 암 유전체 네트워크 분석과 생존분석 …255
• 제14장 NGS를 이용한 체세포 돌연변이 분석 …268
  
  (1) Introduction: NGS를 이용한 체세포 돌연변이 분석
  (2) MuTect2 Short Somatic Mutation Calling Mutect2를 이용한 짧은 체세포 돌연변이 부르기
  (3) 생존분석 NGS Survival Analysis
  (4) 융합유전자 찾기 Fusion Gene Detection
• 제15장 MAF 파일을 활용한 암 유전체 돌연변이 분석 …294
• 제16장 암 유전체 재배열, 복제수변이 및 상호배타성 분석 …316
• 제17장 암 면역치료와 치료 반응성 바이오마커 분석 …342
• 제18장 돌연변이 공개 데이터와 난소암 생존분석 …362
  
  (1) Introduction: 돌연변이 공개 데이터와 난소암 생존분석
  (2) 환자군 나누기: Ovarian Cancer Survival Analysis
  (3) 생존분석: 돌연변이 공개 데이터와 난소암 생존분석

. RNA-Seq 전사체 데이터 분석

• 제19장 RNA-Seq 데이터 분석의 이해와 응용 …376
• 제20장 RNA-Seq 전사체 데이터 기초 분석 …390
• 제21장 염기서열 수준 전사체 데이터 분석 …424
• 제22장 마이크로 RNA와 비코딩 RNA 데이터 분석 …454
• 제23장 eQTL 데이터 분석 …474

. NGS를 이용한 희귀질환과 복잡질환 유전체 데이터 분석

• 제24장 희귀 유전질환과 흔한 복잡질환의 유전체학 …490
• 제25장 복잡질환의 희귀변이 연관분석 …516
• 제26장 유전자 단위의 질병 유전자 탐색법 …548
• 제27장 표현형 및 환경인자 기반 유전체 연관분석 …568
• 제28장 개인 유전체 데이터 해석과 임상 유전체학 …580

 . 부록

• 응용프로그램 설치 이용 안내서 …610
  
  GDA 부록: 응용프로그램의 설치와 이용법 설명

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Part 1.생명의 정보학 Bioinformatics for Life

• Chapter 1.생명의 정보학 Bioinformatics for Life

Part 2. 마이크로어레이 데이터와 유전체 발현 분석 Advanced Microarray Data Analysis

• Chapter 2. 마이크로어레이 데이터와 유전체 발현 분석의 이해 Advanced Microarray Data Analysis
• Chapter 3. 유전체 발현 데이터 분석 실습 Gene Expression Data Analysis
• Chapter 4. 유전자 온톨로지와 생물학적 패스웨이 지식의 활용 Gene Ontology and Biological Pathway-based Analysis
• Chapter 5. 유전자집합 분석과 예후아군의 예측 Gene Set Approaches and Prognostic Subgroup Prediction

Part 3. 차세대 염기서열 데이터 분석 Next Generation Sequencing, Useful Applications

• Chapter 6. 차세대 염기서열 데이터 분석의 이해와 응용 Next Generation Sequencing Data Analysis
• Chapter 7. 차세대 시퀀싱 플랫폼과 기초 데이터 분석 NGS Platforms and Basic Data Analysis
• Chapter 8. 서열 변이 주석달기와 엑솜 데이터 분석 Sequence Variant Annotation and Exom Data Analysis
• Chapter 9. RNA-Seq 데이터 분석 RNA-Seq Data Analysis

Part 4. 네트워크 생물학과 서열 모티프 및 패스웨이, 온톨로지 분석 Network Biology, Sequence, Pathway and Ontology Informatics

• Chapter 10. 생명 네트워크와 서열 모티프, 패스웨이 및 온톨로지 Biological Networks, Motifs, Pathways and Ontologies
• Chapter 11. 서열 모티프 및 계통수 분석과 시각화 Analysis and Visualization of Sequence Patterns and Similarities
• Chapter 12. 생체경로, 유전자 온톨로지, 텍스트 마이닝 Pathway Analysis, Gene Ontology Analysis and Biological Text Mining
• Chapter 13. 생물학적 네트워크 분석 Biological Network Analysis

Part 5. 인간유전체 다형성 및 유전체 변이 데이터 분석 SNPs, GWAS and CNVs, Informatics for Genomic Variants

• Chapter 14. 인간유전체 다형성 및 유전체 변이 데이터 분석 SNPs, GWAS, CNVs: Informatics for Human Genome Variations
• Chapter 15. SNP와 약물유전체 데이터베이스 활용 SNP Data Analysis
• Chapter 16. 전장유전체 연관분석 실습 GWAS Data Analysis
• Chapter 17. 복제수변이 데이터 분석 CNV Data Analysis

Part 6. 메타유전체 및 후성유전체 데이터 분석 Metagenome and Epigenome, Basic Data Analysis

• Chapter 18. 메타유전체와 후성유전체 데이터 분석의 이해 Metagenome and Epigenome Data Analysis
• Chapter 19. 메타유전체 데이터 분석 Metagenome Data Analysis
• Chapter 20. 후성유전체 데이터베이스와 분석 도구 Epigenome Database and Analysis Tools
• Chapter 21. 후성유전체 데이터 분석 Epigenome Data Analysis

• Appendix A. R을 이용한 기초 데이터 분석 연습
  Appendix B. 유전체 자료 분석에 사용되는 응용 프로그램 설치 안내서