BIOCANDI module Á¤¸® ÆäÀÌÁö                                                                                           by JN   

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  Data Transformation Protocol

Protocol

Owner

description À¯¹«

Á¸ÀçÀ¯¹«

Oligonucleotide gene chip admin Y

Y

Newton method__Log-odds admin Y

Y

Dudoit method__the highest and lowest log-ratio values admin Y

Y

Normalization for Affy data (ME) admin Y

N

Newton method for single-dye hybridization admin Y

N

Dudoit method for single-dye hybridization admin Y

N

VSNQuantile ³ª¿µÁö Y N
BetweenChipNormalization_Newton Á¤Å¼ö Y N
BetweenChipNormalization_Dudoit Á¤Å¼ö Y N

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  High Level Analysis Protocol  (36 modules, 17/26 viewers)

Protocol

Viewer

Owner

description À¯¹«

Áߺ¹

Usage

SIMPLE_ONE_WAY_ANOVA

General_Table_Viewer_01

Á¤Å¼ö

Y

Y

anova_01

1_way_ANOVA

General_Table_Viewer_01

¿ìÁ¤ÈÆ

Y

Y

R_filt_int_1_ANOVA

2_w_centering_1_way_ANOVA

General_Table_Viewer_01

¿ìÁ¤ÈÆ

Y

Y

R_filt_int_1ANOVA

Simple_two_way_anova

General_Table_Viewer_01

Á¤Å¼ö

Y

Y

Two02

2_way_ANOVA

General_Table_Viewer_01

¿ìÁ¤ÈÆ

Y

Y

R_filt_2_ANOVA

Group_2way_ANOVA

Group_2way_ANOVA_Viewer

³ª¿µÁö

Y

Y

0141

TGRC_group_2way_anova

Group_2way_ANOVA_Viewer

±è¹Î±¸

N

Y

¡¡

Kruskal_Wallis_rank_sum_test

General_Table_Viewer_01

¿ìÁ¤ÈÆ

Y

Y

R_JN_05_Kruskal

Kruskal_4_gist

General_Table_Viewer_01

¿ìÁ¤ÈÆ

N

Y

R_filt_Kruskal_both

DEDS

deds_viewer

±è¹ÌÇö

Y

Y

Diff_rma

DEDS_4_gist

deds_viewer

¿ìÁ¤ÈÆ

N

Y

R_filt_DEDS

SOM

Cluster_viewer_with_brokenlinegraph

±è¹Î±¸

N

Y

test_som02

SOM_4_gist

Cluster_viewer_with_brokenlinegraph

¿ìÁ¤ÈÆ

N

Y

R_banova_filt_SOM

TGRC_2wayanova_som

TGRC_2wayanova_som_viewer

±è¹Î±¸

N

Y

finalval00

heatmap

SimplePictureViewer

¿ìÁ¤ÈÆ

N

Y

R_BANOVA_heat01

1_anova_heatmap

SimplePictureViewer

¿ìÁ¤ÈÆ

N

Y

heatmap_dose

KMEANS

Cluster_viewer_with_brokenlinegraph

±è¹Î±¸

N

N

k100-2
KmeansWithDesign LineGraphViewerSOM ±è¹Î±¸ N Y ¡¡

VennDiagram

General_Table_Viewer_01

Á¤Å¼ö

Y

N

venn_03

TEST_epiai

General_Table_Viewer_01

Á¤Å¼ö

N

N

¡¡

cbind_results

cbind_results_viewer

Á¤Å¼ö

Y

N

KruskalWallis_2004_2005

ExportMatrix

LineGraphViewerSOM

±è¹Î±¸

N

N

exportVal00

cyberT

General_Table_Viewer_01

¿ìÁ¤ÈÆ

Y

N

newRec.CyberT

Hierarchical clustering

Hierarchical_clustering_viewer

¿ìÁ¤ÈÆ

Y

N

R_JN_BANOVA_hclustering

bayesANOVA_4_gist

General_Table_Viewer_01

¿ìÁ¤ÈÆ

N

N

q_r_norm_bayesANOVA

Survival_Analysis_for_Microarray_data

survival_viewer

±èÀ±Èñ

Y

N

abcde

BioLattice_alpha

General_Table_Viewer_01

±èÁë

N

N

¡¡

aefse

General_Table_Viewer_01

Admin

N

N

¡¡

GlobalTest

General_Table_Viewer_01

Á¶¼º¹ü

Y

N

global34

GeneFilter_with_Variance

General_Table_Viewer_01

ÀÌÇý¿ø

Y

N

geneFilter

GSEA

General_Table_Viewer_01

Á¶¼º¹ü

Y

N

gsea01

PCA

PCA_VIEWER

±è¹ÌÇö

Y

N

TEST_PCA_09

ICA

ICA_viewer

±è¹ÌÇö

Y

N

ica_0908

GOA_Hypergeometric

GOA_analysis_viewer

¹ÚÀ¯¶û

Y

N

193_whole_GOA

PAM_2Step

PAM2step_viewer

ÀÌÇý¿ø

Y

N

newRec.PAM

aCGH_GLAD

aCGH_GLAD_viewer

Çѹ̷É

N

N

76

SAM_2Step

SAM_viewer

ÀÌÇý¿ø

Y

N

newRec_survival_SAM
ttest volcanoplot ±è¹Î±¸ N N deg00

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