서울대학교의과대학 정보의학실 제4회 정보의학 세미나 시스

서울대학교의과대학 정보의학실 제4회 정보의학 세미나
시스템 바이오 정보의학 국가핵심 연구센터 자료분석 웍샵

임상 의료정보와 유전체 데이터의 통합분석에서 올바른 통계학적 도구 사용의 중요성은 아무리 강조해도 지나치지 않습니다. 공개 소프트웨어인 R statistical package는 풍부한 통계분석 라이브러리와 자료처리를 위한 컴퓨터 프로그래밍 환경 및 수준 높은 그래프 그리기를 지원합니다. 서울의대 정보의학실에서는 바이오정보학과 의과학 분야에서 R의 활발한 보급을 위한 실습 웍샵을 마련했습니다. 본 교육과정이 실질적인 생명의과학 데이터와 유전체 데이터의 분석을 위한 R 활용의 기초가 되기를 기원합니다.

시 간	주 제	강 사
9:00 ~ 9:10	등 록
9:10 ~ 9:30	Introduction to R	김주한
9:30 ~ 10:40	Starting with R - R Installation, workspace - Data type - Basic R functions - Data type conversion	임재현, 서희원
10:50 ~ 12:00	Data manipulation with R - Importing/exporting data (text, SPSS, excel <-> R) - Missing values - Data management: sorting, merging, reshaping - Basic visualization	정제균, 임재현
12:00 ~ 13:10	중 식
13:10 ~ 14:20	Statistical Analysis with Biomedical Data I - Distributions - Parametric tests - Non-Parametric stats	손경아, 윤준희
14:30 ~ 15:40	Statistical Analysis with Biomedical Data II - Correlation - Regression - ANOVA	손경아, 윤준희
15:50 ~ 17:00	Advanced R graphics - Line Plots - Bar charts - Histograms - Scatter plot - etc	김도균, 서희원

■ 프로그램 (Day 2, 15일)

시 간	주 제	강 사
9:10 ~ 9:30	Machine Learning Algorithms for Biomedical Informatics	김주한
9:30 ~ 10:40	Microarray Data Analysis I - Introduction to Microarray Data - Normalization methods	이수연, 강병희
10:50 ~ 12:00	Microarray Data Analysis II - Identifying DEG: t-test, SAM - Volcano plot - FDR	이수연, 백수연
12:00 ~ 13:10	중 식
13:10 ~ 14:20	Classification using R - K-Nearest Neighbor - Support Vector Machine - Logistic regression - Feature selection	김도균, 서희원
14:30~ 15:40	Evaluation and Validation - Cross validation - Train/validation/test set split - Empirical p-value, permutation test - Multiple testing - Mean squared error rate	정제균, 백수연
15:50 ~ 17:00	Case study: association of BRCA1 and BRCA2 mutations with survival in ovarian cancer (JAMA 2011) - DEG extraction from RNA-seq data using TRAPR - Clustering (K-means, hierarchical) - Correlation analysis between methylation and expression data - Survival analysis	손경아, 임재현